Koszalińskie seminarium powstało na mocy dekretu bp. Ignacego Jeża z dnia 25 marca 1981 r. Wcześniej klerycy z diecezji studiowali w Paradyżu, Poznaniu i Gnieźnie. Dwa pierwsze roczniki diakonów sprowadzone w 1981 i 1982 roku do diecezji mieszkały jeszcze w Złocieńcu i w Połczynie-Zdroju. Jednocześnie w roku 1982 roczniki III, IV i V zamieszkały w zabudowaniach tymczasowych obok powstającego gmachu nowego seminarium. Fundamenty budynku poświęcił 26 czerwca 1982 r. abp Józef Glemp, prymas Polski, podczas odbywającego się w Koszalinie zebrania plenarnego KEP. Pierwsi klerycy do nowego budynku seminarium weszli w roku 1984. Najważniejszym wydarzeniem w historii seminarium była wizyta w nim papieża Jana Pawła II 1 czerwca 1991 r.

Przez 40 lat istnienia seminarium do jego drzwi zapukało 850 alumnów. 411 z nich zostało księżmi. Seminarium kierowało 7 rektorów. Pracowało w nim 23 prefektów, 13 ojców duchownych, 8 dyrektorów ekonomicznych i 8 wicerektorów, dziesiątki wykładowców i pracowników administracyjnych (duchownych i świeckich). Pracę na rzecz seminarium świadczyły także siostry magdalenki oraz po dziś dzień siostry ze Wspólnoty Dzieci Łaski Bożej.

Obecnie w koszalińskim seminarium studiuje 26 alumnów. W skład zarządu wchodzą: rektor, prefekt, dwóch ojców duchownych, dyrektor ekonomiczny oraz moderator i wychowawca roku propedeutycznego w Szczecinku, który działa tam od 8 lat.