Emerytowany biskup koszalińsko-kołobrzeski zmarł podczas pobytu w Rzymie 16 października 2007 r. Po uroczystej jutrzni 22 października, w poniedziałek rano, po raz ostatni wyruszył w drogę do swojej katedry. Mszy św. przewodniczył arcybiskup warszawsko-praski Leszek Sławoj Głódź, a homilię wygłosił bp Edward Dajczak. Ci, dla których nie starczyło miejsca w katedrze, uczestniczyli w liturgii za pośrednictwem telebimu.

Wieczorem ciało biskupa przewiezione zostało do Kołobrzegu. Po Mszy św. wierni czuwali przez całą noc na modlitwie. W odprawionej na drugi dzień Mszy pogrzebowej uczestniczyło kilkanaście tysięcy diecezjan, blisko 300 kapłanów i ponad 30 biskupów. Mszy św. koncelebrowanej przewodniczył kard. Franciszek Macharski, a homilię wygłosił abp Marian Gołębiewski, metropolita wrocławski, który porównał życie zmarłego w wieku 93 lat hierarchy do pięknego, drogocennego i długiego różańca, złożonego z 93 perłowych paciorków.

- Chrystus zachęca nas do gotowości i nieustannego czuwania, a bp Ignacy Jeż był przygotowany i zawsze prosił o śmierć nagłą, ale spodziewaną - przypomniał, dodając, że bp Jeż dziękował za każdy przeżyty dzień, miesiąc czy rok, uważając przy tym skromnie, że było to niezasłużone.

Ostatniemu pożegnaniu i stacji przy grobie przewodniczył abp Kazimierz Nycz, metropolita warszawski. Zgodnie z wolą bp .Ignacego Jeża, jego ciało spoczęło w krypcie kołobrzeskiej bazyliki.